日本全国ではなく、必要な地域だけ選んで BGL ファイルを生成するには、 mem2bgl.exe を直接利用してください。
やりかたはいくつかありますが、数値地図に付属するメッシュ・コード 一覧図を見れば番号はわかります。 それよりも簡単なのはカシミール3Dを使う方法です。 「ガイド」パネルの「Point」タブを選択してください。また、 「各種情報表示」の「緯線・経線」はチェックしておいたほうがいいでしょう。
地図上で使用したいデータの上にマウスを持っていくと、 ガイドパネルの「コード」に使用する図表の番号がでます。 この番号に対応するファイル名を覚えておいてください。 CD-ROM から取り出し、適当なフォルダにコピーしておいても良いです。 なお、ファイルの拡張子はMEM になっているはずです。
SDK の resample.exe には少し問題があって、サンプル数が少ないと うまく BGL ファイルが作れません。そのため、必要なエリアよりやや多めに ファイルを利用したほうが良いでしょう。私の感触では、 LOD = 9 の場合(解像度約 75m)は１〜２ブロック、 LOD = 8 の場合（解像度約 150m) の場合は２〜３ブロック分の幅を 余分に取っておくと良いようです。この辺は試行錯誤してください。 なお、ブロックは連続して選択してください。海などがある場合は 仕方ないですが、そうでない場合はとびとびにデータを選択しても あまり意味はないでしょう。
mem2bgl.exe の使い方は以下のとおりです。
mem2bgl [オプション] <BGLファイル名> <MEMファイル名>...BGL ファイル名と MEM ファイル名は必須です。MEMファイル名は 複数個指定でき、ワイルドカードも使用できます。 ただし、resample.exe の制限でMEM ファイルは 255 個以上は指定できない ようです。
オプションは以下の通り。
例) 富士山近辺のデータを解像度 38m (LOD=10)で取りたい場合、
mem2bgl -lod 10 fuji.bgl 523875.MEM 523876.MEM 533805.MEM 533806.MEMとなります。 実行後、fuji.bgl ファイルができます。
dm50.inf と *.raw というファイルができますが、 前者が resample.exe に処理されるための情報ファイル、後者が標高データ ファイルです。これらは不要なので、削除して構いません。 resample.exe をいじってみたい人は利用してください。
再配布は自由ですが、public domain ではありません。 著作権は村上卓弥が保持しています。
なお、生成された BGL ファイルを再配布したい場合は 国土地理院の許可が必要になります。問い合わせ先は、CD-ROM 内の ドキュメントに書いてあります。私に問い合わせないように。
日本測地系から WGS-84 への変換は、 http://homepage1.nifty.com/trimble-j/techinfo/cordtrns.pdf にある文書を参考にしました。